Большие острова архипелага и окружающее их морское дно сложены по большей части гранитными породами, мелкие же — обычно коралловые. Отсюда — уникальные подводные пейзажи Сейшельского архипелага. Здесь насчитывается более чем 900 видов рыб, 100 родов раковин и 50 разновидностей кораллов. Неудивительно, что именно на Сейшельских островах проводится SUBIOS — ежегодный фестиваль фильмов, снятых под водой в Индийском океане. Минимальные течения, изобилие рыб, разноцветные кораллы и вероятность выше средней увидеть крупных обитателей океана, таких как скаты манта, черепахи и белые акулы — всё это делает Сейшелы первоклассным районом для дайвинга. Лучшее время для погружений на большинстве островов — периоды с апреля по май и с сентября по октябрь.
Остров Альдабра — лучшее место для погружений и мечта всех без исключения дайверов. Однако он занесён в список Всемирного наследия ЮНЕСКО и для его посещения требуется специальное разрешение.
Базируясь на острове Маэ, можно, потратив на дорогу от 15 до 40 минут, достичь порядка 70 известных среди дайверов мест погружений. Наиболее популярными являются, пожалуй, следующие: скала Trompeuse Rocks, которая поднимается к поверхности воды с глубины 20 м. Там большое количество огромных косяков рыб-мушкетёров, тунца, вымпельных рыб и акул. Mamelles — небольшой необитаемый остров в 11 км от Маэ с бухточкой среди скал, оканчивающихся сквозной пещерой. The Ennerdale — танкер, некогда принадлежащий Британскому военно-морскому флоту, а ныне — водам индийского океана, ведёт свою подводную историю с начала 70-х годов. В это неудачное для него время он напоролся на не обозначенную на карте скалу, названную теперь его именем, и затонул в 3 км от неё. Но на этом его славная история не закончилась: теперь этот «рэк» привлекает дайверов со всего мира, став домом для гигантских угрей, скорпен, хвостоколов, крылаток (львов-рыб), вымпельных рыб, барракуд, акул и гигантской трески. Сама же предательская скала интересна большими осьминогами и лангустами, которые часто её посещают.
Чтобы порадовать дайверов «свежатинкой», в 1989 году в прибрежных водах острова были преднамеренно затоплены ещё три судна: драга и две баржи. Места их упокоения теперь так и называются: Dredger wreck и Two Barges. Расположены они недалеко друг от друга рядом с бухтой Fisherman?s Cove на северо-восточном побережье Маэ.
Brissare Rocks, два скальных островка в 4 км от Маэ — пожалуй, одно из самых приятных и красивых мест для дайвинга. Живущие там кораллы огненного цвета притягивают мелких рыб миллионами.
L’Ilot Island — очень маленький гранитный островок с несколькими пальмами к северу от залива Бо-Валлон. Сады мягких кораллов с большими рыбами на восточной стороне здешнего рифа — одни из самых живописных на Сейшелах. Скалы Shark bank получили своё название не просто ради «красного словца»: практически при каждом погружении там есть возможность нос к носу повстречаться с китовыми акулами.
Другие популярные «дайверские» районы: Malgache Bank, Recife Island и Dragon’s Teeth. Многим очень нравятся походы на целый день с Маэ на остров Силуэт. За этот день можно успеть сделать пару погружений и устроить прекрасное барбекю на острове.